Bislang ist wenig darüber bekannt, wo und wie Japanmakaken schlafen. Morgens werden die Tiere beobachtet, wie sie von Bäumen herabsteigen – ein Hinweis darauf, dass sie in der Baumkrone übernachten, aber die genaue Verteilung war bisher nicht bekannt. Ob sie dabei in Gruppen schlafen, auf unterschiedlichen Ebenen desselben Baumes oder einzeln pro Baum, war jedoch unklar.